管理ツールにはそれらしい項目がないのでどうやればいいんだろうと思っていましたが、vpnserverが置いてあるディレクトリにadminip.txtというテキストファイルを設置すれば良いみたいです。
とりあえずローカルアドレス以外からはアクセスさせないようにするには下記のように書きます。
192.168.0.0/16 172.16.0.0/12 10.0.0.0/8
詳細はSoftEtherのドキュメントをご参照ください。